隐藏关卡是游戏中的重要挑战内容，目前主要有溶洞、沼泽和墓穴三大隐藏关卡。这些隐藏关卡需要通过特定条件触发，每个关卡都有独特的进入方式和战斗机制。隐藏关卡通常位于1层关卡相当于2层关卡，难度较高但奖励也更丰厚。成功挑战隐藏关卡不仅能获得稀有装备，还能解锁特殊成就和增益效果。
溶洞关卡对应冰雪关卡，进入方式是在冰雪关BOSS房间有几率发现被堵住的路。击败BOSS后会出现一个牢笼，解救其中的矿工并与其对话，他会打开被堵住的路，跟随矿工即可进入矿洞前的隐藏关卡入口。5.0.0版本后，使用矿工角色可以直接越过障碍到达矿洞。溶洞关卡的特点是地面有冰面，会影响玩家操作，同时冲击波和爆炸可能引发冰刺掉落造成伤害。
沼泽关卡对应森林关卡，需要在森林关的小怪房间找到奉献池。将武器丢入奉献池会变成光球，并显示你的奉献将成为主的食粮文字。当奉献值达到5点后，BOSS房间的BOSS会强制变为变异的哥布林祭师。击败变异祭师后会出现紫色传送门，通过传送门即可进入沼泽关卡。沼泽关卡的特点是会出现减缓玩家速度的沼泽地形，宝箱会自动开启且金币蓝球数量增加。
墓穴关卡对应遗迹关卡，在遗迹关BOSS房间有几率发现另一条路。触发机关后会出现一个棋盘和五个符文，玩家需要在限定时间内通过方向键操纵符文移动，使所有相同符文连接并填满棋盘。解谜成功会打开前往墓穴的传送门。如果解谜失败，可以使用一拳或超级大宝贝暴力破门，还能获得大力出奇迹隐藏成就。墓穴关卡的特点是存在陷坑，敌我单位掉入都会受到伤害。
挑战隐藏关卡时需要注意，无伤击败BOSS可以获得特殊增益效果，如法杖伤害+1、免疫陷阱伤害等；如果复活后再战则会获得减益效果。建议根据关卡特点选择合适的角色和武器，如溶洞关卡可使用控制类武器应对冰虫BOSS，墓穴关卡推荐使用近战武器处理弹幕。每个隐藏关卡都有独特的敌人配置和战斗节奏，需要玩家灵活调整战术策略。
隐藏关卡的奖励机制值得关注，除了常规的装备和材料外，完成特定条件还能解锁成就和皮肤。例如通关所有三个隐藏关卡可获得谜中谜成就，暴力破解墓穴机关可获得大力出奇迹成就。部分赛季限定内容也需要通过隐藏关卡获取，如机械狂潮赛季的芯片可以通过击败燃料房BOSS概率掉落。合理规划隐藏关卡的挑战顺序和资源分配，能够有效提升游戏进度和角色强度。
