影之刃3的主线剧情分为六个主要章节，每个章节都包含独特的故事线和关键剧情分叉点。第一章剑之初作为游戏开端，玩家以少年剑客影的身份在夜殇大陆展开冒险，剧情尚未出现明显分叉。第二章幽都之门中，影结识女剑士花落并共同探索城市奥秘，这里首次出现对话选项影响后续NPC互动关系的设定。第三章苍之山脉引入寒冰女剑士寻找失散妹妹的支线，玩家选择是否协助她会影响部分场景解锁顺序。
第四章天狼之城的剧情围绕对抗邪恶势力展开，玩家与守护者李雪并肩作战时，战斗中的特定选择会触发不同对话分支。第五章幻之境中与最强剑士幻舞的合作存在两种剧情走向，取决于玩家是否接受她的训练提议。第六章终结之地作为最终章节，其剧情分叉点主要集中在最终决战前的关键决策，这些选择会轻微影响结局画面的呈现方式但不会改变主线结局。
游戏采用半开放式剧情设计，主线关卡中的分叉点主要体现在三个方面：关键NPC对话选择、特定战斗处理方式以及隐藏任务触发条件。例如在幽都之门章节中，玩家与花落的互动对话会影响后续她提供的帮助内容；而在天狼之城章节，击败敌方首领的方式会改变城内居民的后续态度。这些分叉设计虽然不会颠覆主线剧情，但能为玩家提供差异化的叙事体验。
影之刃3的剧情分叉点设计相对保守，主要差异体现在细节描述和NPC互动上，而非颠覆性的多结局设定。玩家在推进主线时，可以通过留意紫色标记的特殊房间来发现潜分支选项。游戏中的杀气改造技术相关剧情线也存在多个信息获取途径，玩家探索顺序不同会导致剧情揭示方式产生差异。
