明日之后第三季中新增了多个包含谜题解密元素的副本与区域，其中希望谷作为核心新地图，提供了丰富的探索性谜题。玩家在该区域需要善于运用地图中提供的各类线索，这些线索可能与环境布局、散落的文档或特定标记相关，用以找到隐藏的任务触发点和宝藏位置。地图中还存在需要解密的机关和隐藏的剧情任务，推进这些内容往往需要玩家结合观察到的信息进行逻辑推理，而非单纯依靠战斗。
周本控制大楼是另一个集中了机关与谜题挑战的玩法。该副本内的谜题设计通常与场景叙事紧密结合，玩家在探索前了解大楼的背景故事有助于理解谜题的逻辑。谜题形式多样，包括需要破解的密码锁、需要特定顺序激活的机关以及需要玩家观察环境细节才能发现的隐蔽线索。解决这些谜题的关键在于细致的观察、合理的道具运用以及基于线索的思考，某些复杂机关还需要玩家耐心尝试并灵活运用身上携带的工具。
新增的副本隐匿工厂同样融入了大量的解谜要素。这个废弃工厂内部结构复杂，充满了各种陷阱和机关，玩家需要通过探索获取地图来理解整体布局，从而避开危险并找到正确路径。副本中的谜题多与场景互动相关，例如利用找到的炸药破坏障碍物，操作转盘或按钮类的机关来开启新的通道或解除陷阱。应对这里的挑战，不仅需要战斗能力，更考验玩家在高压环境下解决环境谜题的应变能力。
第三季的基建系统也蕴含了独特的解谜式玩法，其核心在于资源的规划与设施的联动。玩家需要思考如何高效采集并管理资源，以支持庇护所的升级与扩建，这本身就是一个持续的资源配置谜题。系统中特殊建筑的解锁条件、设施之间如何搭配才能实现功能最大化，以及如何设计布局以有效防御感染者侵袭，都需要玩家进行策略性的规划和思考，可视为一种宏观层面的建设谜题。
世界探索方面，第三季扩展的无缝大地图本身就是一个巨大的谜题场。地图中散布着许多未标明的隐藏宝箱和特殊资源点，其位置往往与当地地貌、气候特征或遗留的文明痕迹存在关联。玩家在驾驶载具自由探索时，需要留意环境中不寻常的细节，并尝试将不同区域的线索进行关联，从而发现这些隐藏要素，这个过程充满了探索解谜的乐趣。
